El SMNSS, como institución fundada por la Conferencia Episcopal de Honduras con fines estrictamente pastorales, es, por su naturaleza, una institución de carácter interdiocesano que reúne a los jóvenes vocacionados en una comunidad educativa, humana, académica y eclesial, a la cual se le confía la tarea de formar a los futuros presbíteros del país, según las orientaciones de la Iglesia Católica y para responder a los retos que plantea la sociedad de hoy.
En uno de los más importantes documentos del Magisterio Pontificio acerca de la formación sacerdotal, “Os daré pastores” (en su nombre latino es Pastores davo vobis), el Papa Juan Pablo II define el Seminario Mayor como comunidad educativa en camino. El Seminario es la comunidad promovida por el Obispo para ofrecer a quien es llamado por el Señor para el servicio apostólico, la posibilidad de vivir la experiencia formativa que el Señor dedicó a los Doce (Cf. PDV, 60). Su identidad más profunda, entonces, radica en “ser a su manera continuidad en la Iglesia de la íntima comunidad apostólica formada en torno a Jesús” (Cf. PDV, 60).